Základem jsou pro nás principy biologického hodnocení. Snahou ale není vyprodukovat nekonečné seznamy všech skupin organismů. Náš ekolog provedl základní průzkum a určil, které skupiny jsou relevantní pro hodnocení. Například se zaměřujeme na ptáky nebo invazní rostliny. Ptáci jsou pro nás natolik významní, že tým jsme posílili o zoologa.
Vybrané druhy postupně rozčleňujeme do několika skupin. V první fázi určujeme indikační druhy (indicator species). Podle nich budeme vymezovat jednotlivé typy biotopů. Zásadní pro nás budou klíčové druhy (keystone species). Budou to reprezentanti toho nejlepšího, co štěrkovna má. Pro lepší uchopitelnost, především v návaznosti na sociologickou část, vybereme deštníkový druh (umbrella species) a vlajkový druh (flag species) pro šterkovnu.
Součástí projektu bude také vymezení biotopů. Ty vymezíme podle druhového zastoupení a přírodními podmínkami – typem půd, vodními poměry, disturbancemi. Biotopy nám pomohou pro stanovení ekologického efektu a jednotlivých zón využití. V neposlední řadě budou pro nás ekologické efekty pojítkem pro návrh ochranářského plánu lokality.